I have a muscle disease which makes me very weak.中的 which 能否

可以,限定性定语从句中基本上所有的which都可用that替换!
但是有很多只能用that不用which的情况（以下情况只能用that）1.当先行词为all,much,little,none及由any,every,some,no所构成的复合不定代词时.2.当先行词被any,few,little,no,all,much,some等词修饰时.3.当先行词为序数词或被序数词所修饰时.4.当先行词为形容词最高级或被形容词最高级修饰时.5.当先行词被the very,the only,the last,the just,the same等修饰时.6.当先行词既包含人又包含物时.

可以

no!

可以的。
只要分清楚定语从句中，哪些只能用that（比如前面又基数词、最高级修饰等等一些情况），哪些只能用which之后，其他基本上都能互换。

可以