全基因组DNA双酶切,没有弥散条带或者条带异常

全基因组DNA双酶切,没有弥散条带或者条带异常
全基因组DNA双酶切(HpaⅡ和EcoRⅠ、MspⅠ和EcoRⅠ,110V琼脂糖电泳没有弥散条带,加大DNA的量酶切后,条带异常和从前不同.酶切产物连接完,做PCR扩增也扩不出条带,或者条带太少.
我的酶产品是Promega买的,已经用了半年.
酶切体系是:
(1)DNA 1.5 ul(约500ng)
HpaⅡ(MBI) 0.8 ul
EcoRⅠ(MBI) 0.4 ul
10*Buffer 2.5 ul
灭菌超纯水 19.8 ul
25 ul
于373-4h.
(2)DNA 1.5 ul(约500ng)
MspⅠ(MBI) 0.5 ul
EcoRⅠ(MBI) 0.4 ul
10*Buffer 2.5 ul
灭菌超纯水 20.23 ul
25 ul
于37℃放置3-4h.
哪里出了问题,导致酶切电泳没有条带.
宁波独行者 1年前 已收到2个回答 举报

septwolfs 幼苗

共回答了12个问题采纳率:100% 举报

你的实验目的和详细步骤没说清楚.我先就现有的描述分析一下:
很有可能是DNA酶或者是连接酶这2步出了问题.首先,你的第一步酶切结果和预期的不一样,你就要怀疑是否酶出了问题.测试一下也很简单,找有酶切位点的质粒来试一下就知道了.看一下缓冲液是否用对了.条件是否正确.这一步的可能性最大.这些酶是你专用的还是公共试剂,公共试剂失活的可能性就更大了.
PCR做不出来,你的引物设计位点在哪里?是否是要连接后才能出结果,那除了酶切没有完成外,DNA连接酶出错也是有可能的.

1年前 追问

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宁波独行者 举报

  谢谢您的回答。有几点需要补充一下。

  是全基因组DNA ,不是质粒,条带正常的是弥散,没有单个片段。 无法拿出来监测。

  

  酶的缓冲液是配套的,之前都可以切的正常。

  

  实验目的是MSAP 甲基化检测,PCR 扩增后跑变性聚丙烯酰胺胶。

  

  连接酶和酶切的酶就我一个人用,是不是半年酶失效了?

  附上酶切图,左边第一条是纯DNA 对照


非常感谢!

举报 septwolfs

我说的是用质粒来测试酶的活力。找有这些酶切位点的质粒来试。酶的保存时间不是问题,关键是反复冻熔的次数不能过多

wjp2586 幼苗

共回答了4个问题 举报

推荐你到丁香园去咨询那儿的老师。

1年前

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