PCR的问题pcr结果得不到想要的片段,我是使用四个片段合成一个,结果产物全部都小,再用产物做pcr得到的片段是其中最小

PCR的问题
pcr结果得不到想要的片段,我是使用四个片段合成一个,结果产物全部都小,再用产物做pcr得到的片段是其中最小的一条.请问我要用什么方法能得到想要的片段?3号片段自己有一个19bp重复,其余重复不超过12bp,1号片段高GC,发夹结构不超过12bp,且没有很强的键能.之前试过降低退火温度,但是没用.
我雪之恋 1年前 已收到1个回答 举报

wwntxx 春芽

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你可以做一个梯度PCR,用高保真酶.如果还是没有扩出来的,那可能就是你的药品问题了,buffer啊,dNTP啊,酶啊有问题、
多试几次,相信会成功的
另外有些步骤你参考下,看是不是控制条件上有点问题
1.反应体系与反应条件
  标准的PCR反应体系:
  10×扩增缓冲液10ul
  4种dNTP混合物各200umol/L
  引物各10~100pmol
  模板DNA0.1~2ug
  TaqDNA聚合酶2.5u
  Mg2+1.5mmol/L
  加双或三蒸水至100ul
  PCR反应五要素:参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和缓冲液(其中需要Mg2+)
2.工作步骤
  

PCR反应的基本过程
标准的PCR过程分为三步(:
  1.DNA变性(90℃-96℃):双链DNA模板在热作用下,
  氢键断裂,形成单链DNA
  2.退火(复性)(40℃-65℃):系统温度降低,引物与
  DNA模板结合,形成局部双链.
  3.延伸(68℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右最佳的活
  性)的作用下,以dNTP为原料,从引物的5′端→3′ 端延
  伸,合成与模板互补的DNA链.
  每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量既增加一倍.
  现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度.

1年前 追问

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我雪之恋 举报

我用的就是高保真的KOD酶,其实高保真酶不是有非特异条带的概率更大吗。反应条件没问题。 你说的touthdown倒是考虑了,但是这个产量会小吧。 有没有更好的方法啊?

举报 wwntxx

暂时也没有想到更好的办法,我也在学习这个,多试验几次试试吧,有时一些经验的获得也要很多次实验的,你在做的过程中也许就会发现更好的方法
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