酶切产物电泳检测无条带这是怎么回事?

酶切产物电泳检测无条带这是怎么回事?
最近做酶切,出现很奇怪的现象.我四种要酶切的样品,分别进行单酶切和双酶切,结果电泳结果是只有一个可以切出1KB片段的样品有条带,其他几个只需要切出一个末端的样品却什么都没有.
酶切体系绝对一样,我是先总量混合在分装的.
不是没切开,电泳结果显示的是什么都没有就像直接点loading buffer进去一样.
我的酶切体系是这样的.
双酶切：12ul ddH2O、6ul tango buffer、1ul BamH1、1ul Hind3、10ul 样品质粒
单酶切：16ul ddH2O、3ul BamH1 buffer、1ul BamH1、10ul 样品质粒
顺便问下,我那个1KB的条带拖尾严重,是不是可能因为我酶切时间过长?我一般都是过夜12小时左右
关于质粒纯度问题，我四种样品都是用一种试剂盒提的。而且如果是纯度问题应该是随机出现在四种中，但是我两次都只有那个1KB的片段有条带。
质粒的上样量也没问题，我原始质粒对照上样量2ul条带很亮，酶切体系里质粒10ul稀释到30ul，上样量5ul，实际含量应该和原始质粒上样量差不多。