gift1998
幼苗
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王镜岩的《生物化学》,螺旋平均每个螺旋是3.6个氨基酸残基(《蛋白质结构物理学 》 一书也 给出的是平均3.6).
含有N个残基的α螺旋就含有N-4个氢键,因为螺旋顶头的4个酰胺氢和 4个羰基氧不参与螺旋氢键形成.
王镜岩生化 给出的一个典型α螺旋 是12个残基.
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那么要完成一次α螺旋需要3.6个残基四舍五入为4个. 那么这4个残基都是 参与螺旋氢键氢键形成的.那么第一的羰基氧是和第5个残基的氨基氢,第2个羰基氧是和第6个残基的氨基氢以此类推.第4个羰基氧是和第8个残基的氨基氢.
那么完成一个α螺旋就需要最少8氨基酸. (这是我个人看法,也仅仅是数学推算实际并不一定)
“关键在于是至少需要多少个氢键才能形成稳定度 α结构”
要计算稳定,就要计算其自由能
α螺旋的稳定,和温度有关(还包括变性剂的影响),不同的氨基酸残基对能量的贡献是不同的,丙氨酸是最易形成螺旋的残基,甘氨酸是最易断裂螺旋的残基,两者对螺旋贡献系数相差10倍.最短的肽链实验可能只拥有一个螺旋.
至于你的问题,“多少个氢键才能形成稳定度 α结构”不考虑温度、和具体残基是很难回答的.同时稳定是相对的没有明显的界限.
α螺旋动力学,最艰难的一步是第一圈的形成,之后的圈是螺旋的延伸,肽链太短就难以越过活化能势垒,总得来说α螺旋的形成速度是极快的.速度是纳秒级.
1年前
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