请问下这个NCBI序列怎么看?gene 1..>71020/gene="GUCY1A3"/note="Derived b
请问下这个NCBI序列怎么看?
gene 1..>71020
/gene="GUCY1A3"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method:BestRefseq."
/db_xref="GeneID:553100"
gene complement(50961..>71020)
/gene="LOC100622239"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method:GNOMON.Supporting evidence
includes similarity to:3 ESTs,2 Proteins"
/db_xref="GeneID:100622239"
我想问的是后面那个 complement(50961..>71020)是什么意思?相比与前面的 1..>71020.是不是说这 complement(50961..>71020)是基因的另外一个转录本?
gene 1..>71020
/gene="GUCY1A3"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method:BestRefseq."
/db_xref="GeneID:553100"
gene complement(50961..>71020)
/gene="LOC100622239"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method:GNOMON.Supporting evidence
includes similarity to:3 ESTs,2 Proteins"
/db_xref="GeneID:100622239"
我想问的是后面那个 complement(50961..>71020)是什么意思?相比与前面的 1..>71020.是不是说这 complement(50961..>71020)是基因的另外一个转录本?
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你说的应该是野猪(Sus scrofa)的基因组
从以下链接的图中可以看到complement那段说的就是一个基因名字为LOC100622239,这个基因的特点就是,相对GUCY1A3而言,它是向另一个方向转录合成mRNA,同时其基因的一部分与GUCY1A3有重叠.基本上由于转录方向不同,模板DNA链也就不同,所以LOC100622239与GUCY1A3不可能是同一个基因.
另外值得一提的就是LOC100622239是一个预测的基因,也就是说因为其序列与已知基因有一定的相似性,所以从信息学的角度预测它可能也可以转录翻译,但是目前没有任何实验证据.
简而言之,我的回答就是这 complement(50961..>71020)可能是另外一个转录本,但不是GUCY1A3这个基因.
从以下链接的图中可以看到complement那段说的就是一个基因名字为LOC100622239,这个基因的特点就是,相对GUCY1A3而言,它是向另一个方向转录合成mRNA,同时其基因的一部分与GUCY1A3有重叠.基本上由于转录方向不同,模板DNA链也就不同,所以LOC100622239与GUCY1A3不可能是同一个基因.
另外值得一提的就是LOC100622239是一个预测的基因,也就是说因为其序列与已知基因有一定的相似性,所以从信息学的角度预测它可能也可以转录翻译,但是目前没有任何实验证据.
简而言之,我的回答就是这 complement(50961..>71020)可能是另外一个转录本,但不是GUCY1A3这个基因.
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